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A network-based gene-weighting approach for pathway analysis.pdf
在许多生物学通路中，基因之间的相对重要性是不完全均一的，而这种不均一性是“组成型”的。他们通过整合蛋白质相互作用数据，基因共表达数据，以及Gene Ontology通路的数据库，构建了一个全基因组水平的基因功能关联网络，并设计了一个度量生物学通路中基因相对重要性的方法。通过对一些已知的生物学通路进行测试的结果表明，该方法计算得到的基因权重和生物学认识是相符的；同一个基因在不同的生物学通路的权重可以不同，因此这些权重是生物学通路特异的；对基因网络的随机干扰试验表明，该方法得到的权重可以对抗相当程度的网络干扰，因而是稳定的。这些权重实际上可以和许多以前发展出来的算法相结合，产生带有基因加权的算法。在该工作中，以两种算法（MeanAbs和GSEA）为例得到了相应的加权版本。
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