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第四章、 第四章、三维构型图的创建 -chem 3d 使用
章永凡
1. 分子构型的三维描述方法
直角坐标系方法
c c h h h h 0.7 -0.7 0.87 -0.87 -0.87 0.87 0.0 0.0 0.5 0.5 -0.5 -0.5 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0
内坐标(z-matrix)方法 方法 内坐标
内坐标与直角坐标之间的区别在于， 内坐标与直角坐标之间的区别在于，它侧重于从原子之间 相对位置， 的键连角度来描述原子间的相对位置 具体参数包括： 的键连角度来描述原子间的相对位置，具体参数包括： 键长：两个原子间的距离 需用两个原子描述) 键长：两个原子间的距离( 需用两个原子描述 键角：确定二根键之间的夹角 需用三个原子描述 需用三个原子描述) 键角：确定二根键之间的夹角(需用三个原子描述 二面角： 二面角：确定四个原子所在的两个平面之间的夹角 (需用四个原子描述 需用四个原子描述) 需用四个原子描述
内坐标的输入格式为： 内坐标的输入格式为： 原子1,原子 键长,原子 键角,原子 原子2,键长 原子3,键角 原子4,二面角 原子 原子 键长 原子 键角 原子 二面角
二面角 4 键角 2 1 键长 3
3 1 c 4 2 c
5
6
c c 1 1.3 h 1 1.0 2 120.0 h 1 1.0 2 120.0 3 180.0 h 2 1.0 1 120.0 3 0.0 h 2 1.0 1 120.0 3 180.0 在同侧共面
对同一构型，内坐标的表示并不唯一 对同一构型，
5 2 c 3 4 c 6
1
h c,1,1.0 h,2,1&#
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